Esta Directiva tem como principal objectivo contribuir para assegurar a Biodiversidade através da conservação dos habitats naturais (anexo I) e de espécies da flora e da fauna selvagens (anexo II) considerados ameaçados no território da União Europeia.

Cada Estado Membro deverá elaborar uma Lista Nacional de Sítios a ser apresentada à Comissão com base em critérios específicos (anexo III). Seguidamente, a partir das várias Listas Nacionais e através de um processo de análise e discussão entre os Estados Membros e a Comissão, serão seleccionados os Sítios de Importância Comunitária (SIC), por Região Biogeográfica. Após seis anos, cada Estado Membro deverá designar estes Sítios como Zonas Especiais de Conservação (ZEC) que serão posteriormente integradas na Rede Natura 2000.

Relativamente às áreas seleccionadas como ZEC, cada Estado Membro terá de elaborar os respectivos planos e regulamentos de gestão, no sentido de assegurar a manutenção e estado de conservação favorável dos valores naturais identificados.

O Decreto-Lei nº 140/99, de 24 de Abril, revê a transposição para a ordem jurídica interna da Directiva.

A Lista Nacional de Sítios foi aprovada em duas fases: a Resolução do Conselho de Ministros nº 142/97, de 28 de Agosto, publicou a 1ª fase da Lista contendo 31 Sítios; a Resolução do Conselho de Ministros n.º 76/2000 aprovou a 2ª fase, que contém 29 Sítios (DR n.º 153, série I-B de 5/7/00).

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