A sobreposição e existência de um grande número de biótopos conferem à área do PNSAC uma riqueza faunística assente, essencialmente, na existência de uma diversidade assinalável de espécies, nomeadamente no que se refere aos vertebrados. Assim, encontra-se já inventariado um total de 204 espécies das quais 136 são aves, 38 mamíferos, 17 répteis e 13 anfíbios.
Podem-se referir, por exemplo, o gato-bravo, a geneta, a raposa, a doninha, o texugo, a cobra-de-pernas-tridáctila, a víbora-cornuda, as cobras-de-água, várias espécies de salamandras e tritões, etc.
As aves são o grupo com maior número de representantes nesta Área Protegida, sendo conhecidas mais de cem espécies que aqui nidificam. Algumas são mesmo importantes no contexto nacional como o bufo-real ou a gralha-de-bico-vermelho.
O meio subterrâneo tem, neste Parque Natural, grande significado. Nas suas numerosas grutas abrigam-se uma infinidade de seres vivos, de que se destacam cerca de dez espécies de morcegos cavernícolas.