Lugar sagrado onde no primeiro milénio antes de Cristo se celebrava o culto de Baal-Melkart, esta ilha de Saturno, assim lhe chamavam os historiadores da antiguidade, encerra dentro de si pequenas estórias que contribuem para a história de um povo, que se confundem com o imaginário. Dos romanos restam cepos de âncoras perdidas nos fundos do mar e outros vestígios; dos vikings, as histórias dos seus ataques a embarcações comerciais. Vieram os piratas ingleses, vieram os mouros, e novamente os ingleses. E, nos Descobrimentos, foi no mar das Berlengas que capturaram a nau de Garcia Dias, vinda da Índia.

No ano de 1513, os monges da Ordem de S. Jerónimo fundaram na ilha o Mosteiro da Misericórdia, que lhes serviu de retiro durante 35 anos. Durante esse período, a tranquilidade e isolamento procurados pelos monges foram muitas vezes violentamente interrompidos pelos ataques dos corsários, que saqueavam o convento e capturavam os monges para com eles abastecerem o mercado de escravos do Norte de Africa. Depois do abandono, o mosteiro da Berlenga caíu em ruínas, dele restando apenas alguns muros e pedras soltas. No seu lugar, perto do cais, foi construído o actual Restaurante Mar e Sol.

Sendo a ilha, pela sua localização, um excelente posto de defesa do território Português, foi mandado erguer pelo rei D. João IV de Portugal , a Fortaleza S. João Baptista, que viria a ser palco de batalhas, das quais se celebrizou o ataque do castelhano Diogo Ibarra. Atacado e bombardeado durante dois dias, acabou o forte por ser tomado pelos Castelhanos. A guarnição Portuguesa, que resistiu mais do que humanamente parecia possível, era comandada pelo Cabo Avelar Pessoa. Estava-se no ano de 1666.

Ao longo de quase dois séculos este forte esteve envolvido em diversas estratégias militares, até que em 1847 acabou por ser abandonado.Actualmente serve de abrigo aos visitantes que aí desejem pernoitar.

No ponto mais alto da ilha ergue-se o farol. Em boas condições atmosféricas, a sua luz é visível a grande distância.

Os pescadores foram e são uma presença constante no Arquipélago das Berlengas. Inicialmente abrigavam-se nas grutas naturais, mas hoje habitam sazonalmente as casas situadas no Bairro dos Pescadores, na encosta sul da Ilha Velha.