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Nas pastagens, matos, bosques densos e matas de exploração refugia-se um património faunístico variado em que se destaca o animal “responsável” pela criação da Reserva Natural, o lince-ibérico (Lynx pardinus). O gato-bravo (Felis silvestris), de hábitos semelhantes ao lince-ibérico, raposa (Vulpes vulpes), sacarrabos (Herpestes ichneumon), javali (Sus scrofa), parente selvagem do porco doméstico, fuinha (Martes foina) e da gineta (Genetta genetta). O lobo-ibérico (Canis lupus) é um visitante ocasional da serra da Malcata.
Das várias espécies de aves que habitam na serra salienta-se a cegonha-preta (Ciconia nigra), à qual foi atribuído o estatuto de “em perigo”, e passeriformes de difícil observação como o rouxinol-do-mato (Cercotrichas galactotes), a pega-azul (Cyanopica cyana) e o rabirruivo-de-testa-branca (Phoenicurus phoenicurus).
A natureza do clima aliada ao tipo de vegetação garantem a presença de um elevado número de espécies de répteis como a cobra-de-escada (Elaphe scalaris) ou a cobra-rateira (Malpolon monspessulanus). Nas linhas de água são relativamente frequentes o lagarto-de-água (Lacerta schreiberi) e o cágado (Mauremys leprosa).
Em termos de anfíbios estão presentes todas as espécies que ocorrem em Portugal Continental com destaque para o sapo-comum (Bufo bufo), o sapo-corredor (Bufo calamita), a rã-ibérica (Rana iberica) e a rã-verde (Rana perezi).
Nos cursos de água ocorrem onze espécies de peixes, nove das quais pertencem à fauna nativa de Portugal Continental. No rio Côa surge a truta-de-rio (Salmo trutta), enquanto no rio Bazágueda e na ribeira da Meimoa são comuns o escalo-do-norte (Leuciscus chepalus cabeda) - endemismo ibérico - e a carpa (Cyprinus carpio).
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